小型小米加工设备清洁不彻底，大肠杆菌、细菌等容易超标，带来食品安全风险，食品加工设备要用专业清洗剂对其进行清洗消毒，才能保准产品质量。工作人员在日常使用小米加工设备的过程中，需要掌握正确的清洗方式。
在小型小米加工设备加工过程中不可避免地会使机械设备的边边角角等“盲区”粘连物料，如果不及时进行清洗、消毒，很容易滋生细菌，再次制作时会对食品造成二次污染，影响产品质量。
此外，小型小米加工设备及管道在使用后会产生杂质、污垢（如油脂、蛋白质、糖类、高温碳化物等）和细菌等，生产结束后，须用符合要求的食品级清洗剂对小型碾米机和管道进行彻底清洗和消毒，防止微生物生长繁殖，以保障产品质量。
清洗和消毒是两个不同的概念，小型小米加工设备表面未经“清洗”，消毒剂是不能完全发挥作用的。清洗就是把工厂和加工设备的污物去掉。“污物”确切的说就是存于食品接触表面为细菌生长所需的营养物质。包括脂肪、碳水化合物、蛋白质和矿物质。
消毒是在清洗小米加工设备之后，用消毒剂破坏微生物的繁殖体，进而减少其它微生物的数量。如水、碱水溶液、表面活性剂、含氯消毒剂、75%乙醇等。